Ocena stanja populacije nam sporoča, da se s človeško ribico nekaj dogaja. Ocenjeno je, da se je populacija človeške ribice v Sloveniji zmanjšala, vendar obseg ni znan. Zmanjšalo se je število opaženih osebkov na dobro poznanih in pogosto obiskanih lokacijah. Res pa je, da je oceno stanja populacije podati zelo težko, saj je podzemski habitat človeške ribice človeku nedostopen.
Za oceno populacije črne človeške ribice so bile opravljane posebne DNA analize. Ocene kažejo, da celotna populacija ne šteje več kot nekaj 100 do nekaj 1000 odraslih osebkov! Stanje črne človeške ribice znanstveniki ocenjujejo kot kritično. Razlog tiči v številnih virih onesnaženja in pa predvsem njihovemu težavnemu nadzoru (individualne črne gradnje, deponije, bioplinarna, intenzivno kmetijstvo in vinogradništvo).